Po nieudanej próbie uzyskania dla swego siostrzeńca kanonii fromborskiej biskup warmiński Łukasz Watzenrode, wysłał go latem 1496 r. na studia prawnicze do Bolonii.

Dnia 28 lipca 1501 r. Mikołaj Kopernik wraz z bratem Andrzejem uzyskali zgodę kapituły warmińskiej na kontynuowanie przerwanej nauki w słonecznej Italii.

Ogłoszone w kwietniu 1498 r. przez papieża Aleksandra VI uroczystości jubileuszowe 1500 roku ściągnęły do liczącego wówczas ok. 50 tysięcy mieszkańców Wiecznego Miasta ogromne rzesze pielgrzymów, wśród których nie zabrakło Mikołaja Kopernika oraz jego brata Andrzeja.

Po dwuletnich studiach medycyny w Padwie Kopernik zobowiązany był do powrotu na Warmię i wylegitymowania się stopniem naukowym doktora prawa.